杂交水稻的基本思想和技术，以及首次成功的实现是由美国人HenryBeachell在1963年于印度尼西亚完成的，HenryBeachell也被学术界某些人称为杂交水稻之父，并由此获得1996年的世界粮食奖。由于最初的杂交水稻设想方案存在缺陷，这一技术并没有在整个世界大范围内进行推广。

  随后在日本提出三系选育法培育杂交水稻，虽然经过多年努力日本人找到了野生的雄性不育株，但是效果不是很好；另外还提出了一系列的水稻育种新方法，但是最后由于种种原因没办法完成杂交水稻的产业化。

  1984年6月成立了全国性的杂交水稻专门研究机构－－湖南杂交水稻研究中心，后又成立国家杂交水稻工程技术研究中心，均由袁隆平任中心主任至今。1995年他当选为中国工程院院士。被称为杂交水稻之父。

  1960年袁隆平从一些学报上获悉杂交高粱、杂交玉米、无籽西瓜等，都已大范围的应用于国内外生产中。于是，袁隆平跳出了无性杂交学说圈，开始做水稻的有性杂交试验。

  1960年7月，他在早稻常规品种试验田里，发现了一株与众不同的水稻植株。第二年春天，他把这株变异株的种子播到试验田里，结果证明了上年发现的那个“鹤立鸡群”的稻株，是地地道道的“天然杂交稻”。袁隆平从实践及推理中突破了水稻为自花传粉植物而无杂种优势的传统观念的束缚，立即把精力转到培育人工杂交水稻这一崭新课题上来。

  从1964年发现“天然雄性不育株”算起，袁隆平和助手们整整花了6年时间，先后用1000多个品种，做了3000多个杂交组合，仍然没有培育出不育株率和不育度都达到100％的不育系来。袁隆平总结了6年来的经验教训，并通过你自己观察到的不育现象，认识到必须跳出栽培稻的小圈子，重新选用亲本材料，提出利用“远缘的野生稻与栽培稻杂交”的新设想。

  在这一思想指导下，袁隆平带领助手李必湖于1970年11月23日在海南岛的普通野生稻群落中，发现一株雄花败育株，并用广场矮、京引66等品种测交，发现其对野败不育株有保持能力，这就为培育水稻不育系和随后的“三系”配套打开了突破口，给杂交稻研究带来了新的转机。

  1972年，农业部把杂交稻列为中国重点科研项目，组成了中国范围的攻关协作网。

  1973年，广大科学技术人员在突破“不育系”和“保持系”的基础上，选用1000多个品种进行测交筛选，找到了1000多个具有恢复能力的品种。张先程、袁隆平等率先找到了一批以IR24为代表的优势强、花粉量大、恢复度在90％以上的“恢复系”。

  1973年10月，袁隆平发表了题为《利用野败选育三系的进展》的论文，正式宣告中国籼型杂交水稻“三系”配套成功。这是中国水稻育种的一个重大突破。紧接着，他和同事们又相继攻克了杂种“优势关”和“制种关”，为水稻杂种优势利用铺平了道路。

  1986年，袁隆平在其论文《杂交水稻的育种战略》中提出将杂交稻的育种从选育方法上分为三系法、两系法和一系法三个发展阶段，即育种程序朝着由繁至简且效率慢慢的升高的方向发展；从杂种优势水平的利用上分为品种间、亚种间和远缘杂种优势的利用三个发展阶段，即优势利用朝着越来越强的方向发展。根据这一设想，杂交水稻每进入一个新阶段都是一次新突破，都将把水稻产量推向一个更高的水平。1995年8月，袁隆平宣布：中国历经9年的两系法杂交水稻研究已取得突破性进展，可以在生产上大面积推广。

  1998年8月，袁隆平提出选育超级杂交水稻的研究课题。政府划拨1000万元予以支持。袁隆平为此深受鼓舞。在海南三亚农场基地，袁隆平率领着一支由中国十多个省、区成员单位参加的协作攻关大军，攻克了两系法杂交水稻难关。经过近一年的努力，超级杂交稻在小面积试种获得成功，亩产达到800公斤，并在西南农业大学等地引种成功。目前，超级杂交稻正走向大面积试种推广中。

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