人多地少水缺是我国基本国情，水土资源是硬约束，长期制约着我国畜牧业可持续发展。随着我们国家肉蛋奶等主要畜产品需求刚性增长，资源越绷越紧，确保畜产品有效供给与资源约束的矛盾日益尖锐。

  畜禽规模养殖用地问题是当前畜牧业发展的最大困惑。地方政府对新建养殖场用地审批越来越严格，基本不批；部分现有养殖场因环保、城市建设、工业发展等原因被迫关闭和拆除，继续从事养殖又很难得到合理的养殖用地置换，只拆不建慢慢的变成了常态，即便是东北和西北资源条件相对宽松的地区，发展畜禽养殖也特别难找到合适的土地。

  饲料资源对畜牧业生产的制约也十分明显，我国的粮食安全问题很大程度上是饲料粮的安全供给问题。由于国内大豆产量及优势不足等问题，2017 年我国大豆进口 9 553 万吨，较 2016 年增加 1 162 万吨，蛋白饲料原料进口依存度已超过 80%，这种局面短期内难以扭转。2017 年我国全年进口玉米量为 283 万吨，玉米也从出口国成了净进口国。虽然目前国储库有接近 2.4 亿吨玉米库存，但是由于进口成本、阶段性流动玉米供应紧缺等原因，我国仍需大量进口玉米。随着草食畜牧业的发展，饲草进口也快速增加。2008 年以前，我国基本不进口草产品。2017 年，我国进口草产品达到 185.6 万吨，比 2008 年增长约 93 倍，近 80% 苜蓿草种依赖进口。

  随着新《中华人民共和国环境保护法》《畜禽规模养殖污染防治条例》《水污染防治行动计划》《土壤污染防治行动计划》等法律和法规的出台实施，畜牧业发展面临前所未有的环保压力。一些地方始终难以摆正位置，从早期的“只发展、不保护”的极端，走向现在“只保护、不发展”的另一个极端；依靠行政命令、重堵轻疏的现象比较普遍，片面强调畜禽养殖造成的污染问题，“一刀切”划禁养区，“一禁了之”“一关了之”，大幅度调减畜禽养殖规模，对区域内畜产品有效供给造成比较大的隐患。当前我国农牧结构上种养分离，受土地资源制约，大部分畜禽规模养殖场只有少数的配套粪污消纳用地，种养脱节现象非常严重，种养循环通道没有打通；再加上畜禽粪便资源化利用的激发鼓励措施（如沼气发电上网、有机肥生产和使用补贴等）难以落地，经济高效的废弃物处理利用技术模式比较缺乏等因素，导致畜禽粪便出路受阻，资源化利用水平还不高，造成粪肥资源白白浪费。

  我国畜禽养殖密度大、活畜禽流通频繁，动物疫病防控形势严峻。从国内看，病种多、病原复杂、发病范围广，同一场点多种病原共存，同一动物多重带毒、感染的现象都会存在；从国际看，我国与四周的国家贸易频繁，非法走私难以杜绝，外来疫病传入的风险巨大。在动物防疫过程中，过多强调对易感动物的保护，在消灭传染源和控制传播途径方面投入不足；在保护易感动物方面，单纯强调疫苗免疫，忽视了自身抵抗力的建立。在复杂的病原生态环境和强大的疫苗免疫压力下，病原频繁变异、难以清除，动物一直处在亚健康状态。以种猪场为例，通常要注射包括猪瘟、蓝耳病等多种疫苗，猪只从出生起频繁接受疫苗免疫，应激反应严重，健康状态很难保证。2018 年 8 月以来，我国非洲猪瘟疫情引发的根本原因在于，养殖场户生物安全措施缺失或不到位。面对非洲猪瘟这种目前尚无安全有效的商品化疫苗进行防控的烈性传染病，如何有效控制疫情蔓延、减少生产损失、降低对产业的影响，是养猪业当前所面临的紧迫难题。